A missão do Instituto Mário Tomaz de Aquino é “educar para transformar os cidadãos éticos, conscientes, responsáveis e tolerantes, que respeitam a diversidade. “Preparamos lideranças que contribuam para o desenvolvimento de duas comunidades e que proponham soluções para o bem-estar coletivo. Esperamos incentivar atitudes empreendedoras, que se reflitam em melhorias para a sociedade em suas comunidades nacionais e internacionais, através de palestras e apoio de um modo geral”, dando continuidade e reinventando as instituições de ensino na promoção de uma educação emancipadora, combatendo todas as formas de injustiça, de discriminação, de violência, de preconceito, de exclusão e de degradação das comunidades de vida, com vistas à transformação social e ao fortalecimento da democracia participativa, de ética e da garantia de direito individuais e coletivos educacional.

O Instituto Mário Tomaz de Aquino é sem fins lucrativos e independente partidos políticos ou organizações religiosas e outras. A manutenção de seus trabalhos é garantida por meio de doações de empresas e pessoas físicas que se identificam com os objetivos da entidade.